Министерство архитектуры и строительства письмом от 22.10.2007 № 04-2-02/2700 разъяснило на условных примерах расчет налогов и отчислений для включения в стоимость выполненных работ с учетом особенностей налогообложения по упрощенной системе. Подробнее об этом НЭГ № 89 от 23.11.2007г. в материале «Налоги и отчисления в актах приемки выполненных работ».
Да ничего революционного вроде нет, просто письменно согласились с фактически сложившейся практикой. Если по-простому - вместо сельхозналога в С-2 по аналогичной формуле ставится упрощённый налог и, если надо, НДС...