Реализация книг подпадает под единый налог, а реализация газет и журналов -- под общую систему налогообложения. Соответственно, учет по книгам у вас ведется в книге движения товаров, а выручка в произвольной форме. А учет от реализации газет и журналов ведется с использованием книги товаров, книги доходов и книги движения по расчетному счету. Не забывайте о документальном подтвержении расчетов и выплат заработной платы наемным работникам.