Я делаю немного по-другому. В 1С 7.7 делаю ведомость выплаты з/платы с пометкой «выплата из банка» (автоматически делаются проводки по сотрудникам на 76.3). При перечислении платежное поручение на общую сумму, а в выписке банка 76.3-51 по каждому сотруднику с ссылкой на это пл. поручение.