Имеет ли значение, что мы в арендуемом помещении занимаемся производством, а также складируем товар (оптовая торговля), хотя в договоре аренды указано только то, что помещение передается только для производственных целей?
Ну вроде да: у вас должно быть официальное место для хранения, которое вы будете указывать в тех же ТТН, а пока у вас транзит (то есть вы покупаете и продаете даже не завозя товар на склад), а при транзите наценка не больше 5%.