если в вашем акте по наладке оборудование сидит «в т.ч.», тогда с-фактуру по НДС с выделением отдельной строкой оборудование и отд. стр. наладка. Если же оборудование у вас «за» строкой ИТОГО к оплате справочно показано, тогда и с-ф по НДС на наладку и ТТН на обор.
накладные служат для учета движения ТМЦ, а услуга (например услуги связи или т.п) таковой не является. Результатом работы является ТМЦ, следовательно на результат работы- ТМЦ (например переработка) выписывают накладную на ТМЦ по стоимости работы.