Сегодня была в налоговой по этому же вопросу. Сказали написать заявление о проведении зачета превышения сумм налоговых вычетов над суммой нДС, исчисленной по реализации товаров(услуг, работ) и по этому письму будет произведен зачет суммы превышения НДС в счет погашение других налогов.