Стоимость испорченных (похищенных, недостающих) БСО не является объектом обложения НДС. Данная позиция приведена в обзорном письме Министерства по налогам и сборам РБ от 30.12ю08г. № 2-1-9/929
Если проводим не как недостачу, а через 92, то НДС не платим. А вот насчет участуют ли или нет, непонятно, и налоговая по этому поводу тоже не дает разъяснений.