Пеня с НДС-ом потому, что у получателя пени это доход, облагаемый НДС, а у плательщика - увы к зачету не берется. Уточните по формулировке, неустойка- идет на уменьшение налогооблагаемой прибыли, а вот по вопросу пени у налоговой совсем другой взгляд.