Да, будет 2 налога: ЕН от физ.лиц, ПН от юр.лиц+НДС, целевой. Так что перейдите на УСН и голову не ломайте. Есть выручка- есть налог. Нет выручки и налога нет.
Подоходный или УСН. Если подоходный, то выручку отражать в книге доходов и расходов. Расходы (если общие - аренда, транспортные и т.д.) делятся пропорционально выручке. Про НДС не забывайте. УСН в этом плане проще применять. Не надо учет расходов вести.