При расчете цены проблем никаких, таможенные платежи включаете в цену. По вычетам НДС есть нюанс. К вычетам он пойдет только после возмещения подотчетному лицу (тому, которое эти платежи делало) уплаченного НДС. При возмещении таможенных и налоговых платежей нет никаких ограничений, возмещаются они в полном объеме.