А можно прописать в должностной инструкции, что гл. бухгалтер ведет бух. и налоговый учет по документам предоставляемых ему. В смысле не отвечать за то что как работают на фирме.
Читайте Закон о бух учете и руководителю покажите там все про его и Вашу ответственность вот и стройте своих работников что бы выполняли обязанности. Кроме того в документах часто пишут «исполнитель» и ставят ФИО и подпись конкретно того чел. кто этот документ делал с него и спрос но все равно за с гл. буха ответственность никто не снимает, а закон всегда будет выше всех внутренних документов