Лоханулась. При выставлении ЭСЧФ на портал по импорту не из стран ЕАЭС стоимость ввезенного товара брала из ГТД- т.е. фактически базу для уплаты НДС при ввозе. Сейчас поняла что нужно было стоимость указывать только из инвойса без учета транспортировки и таможенной пошлины, а НДС указать отдельной строкой в разделе 6. Что делать : исправлять или нет? Суммы правильные, все проходило по камеральному контролю. Но по инструкции 15 заполнено не так.