Вы наверное неправильно разнесли оплаты в журнале «Взаимозачеты» проверьте документы по которым платили и документы по которым поступал товар и отгружали.
Не совсем понятен ваш вопрос. в 1С Хьюмен есть журнал взаиморасчеты. Посмотрите может там документ по которому у вас зачет по договорам прошел и исправьте как нужно вам, или новый сделайте.