Требование составлять ПУД в момент совершения операции или непосредственно после - универсальное, и для ИП поблажек нет.
Но можно поспекуплировать на предмет того, что считать операцией списания материалов, и если можно составлять акт на списание раз в месяц, то почему нельзя раз в квартал