С индивидуальным предпринимателем ТРУДОВОЙ договор заключить НЕЛЬЗЯ!!! Можно заключить трудовой договор с ФИЗИЧЕСКИМ лицом, а то, что он является ИП ни кого волновать не должно. С Вами он вступает в ТРУДОВЫЕ отношения как физическое лицо (Трудовой кодекс), а то что он может заниматься предпринимательской деятельностью - это гражданский кодекс и совершенно другие сделки.