с подрядника в любом случае зарплатные налоги и подоходный 12% со всей суммы авансового отчета, т к подрядник не ваш сотрудник и по отношениям с организацией он приравнивается к ИП, и если он ездит в командировку, то должен был эти расходы заложить в стоимость договора подряда (увеличить ее), т о сумма авансового отчета подрядника приравнивается к вознаграждению по договору подряда