Филиал не является юрлицом. Стало быть вы можете просто перечислить деньги на его содержание, пополнение его оборотных средств, выполнение к-л задания решением руководителя предприятия. В учете предприятия запись: Д 79 - К 51 в учете филиала: Д 55 - К 79