Я ИП. Была аналогичная ситуация. Я НДС не выделял, работал как обычно. При налоговой проверке сказали, что нужно выделять и уплачивать ндс. Когда я показал, что в договоре, счете и акте указано БЕЗ НДС, то инспектор сказал, что я всё сделал правильно. Ставки ндс определяются не платежкой, а договором и актом.