Начислить обычно как всегда и включить в начисление совместно с зарплатой того месяца, к какому она относится будет. А вот ВЫПЛАЧИВАЛАСЬ она отдельно по ведомости. Обычно если выплачивали в сентябре после выплаты зарплаты за август включают в ведомость сентября. Типа выплатили авансом по приказу.