Подписываем с организацией протокол разногласий. Т.Е. если они его подпишут, надо делать доп соглашение к договору. или достаточно подписать протокол разногласий с двух сторон, а доп делать не надо?
Если они подпишут ( т.е. согласятся с вашей редакцией) - то ничего больше не надо. Вы подписываете имеющийся договор и, в котором указываете, что он подпсан с Протоколом разногласий.
Если Другая сторона не согласится с вашей редакцией, изложенной в Протоколе (не подпишет его), то Договор будет считаться незаключенным.