Если Вы приобретаете у организации РФ не состоящей на учете в налоговых органах РБ (не имеющей представительства) - то уплачиваете как налоговый агент по ст.92 НК РБ. Т.к. место реализации согласно ст.32 НК - в данном случае РБ.
Если лавка РФ состоит на учете в ИМНС РБ - то НДС она платит сама и указывает его в отгрузочных доках.