Документ, подписанный ЭЦП с одной стороны может быть подписан другой стороной только ЭЦП. Электронный документооборот в рамках ТС пока что не предусмотрен, а рассматривается только на перспективу. О перспективе можно почитать Решение коллегии евразийской экономической комиссии №137 от 12 октября 2015 г. Поэтому Вам нужно просить у Вашего поставщика бумажные документы (CMR, счет для НДС и т.д. и т.п.).