Для начала по п.7 Инструкции о НДС начислите и заплатите данный оброк: 7. Оборотами по реализации признаются также недостача, хищение и порча товаров сверх норм естественной убыли; продажа, обмен и прочее выбытие основных средств, нематериальных активов, неустановленного оборудования ...
Причем под «товаром» согласно данной Инструкции понимается любое имущество реализуемое либо предназначенное для реализации.
А отражаете по дебету 94 счета и кредиту счетов учета ТМЦ и НДС. Не забудьте с виновников этого безобразия все взыскать :)