Да, взаимозачет отражается ручной операцией или бухгалтерской справкой. Но, если это взаимозачет с покупателем товаров, то в накладной в поле «Зачет60» по кнопке [...] подберется кредитовое сальдо по сч.60 при условии, что по сч.60 и 62 договор один и тот же, и сформируется проводка Д60 К62.